重點結合新時期長江漁業資源與環境調查專項，開展珍稀瀕危魚類種群動態和棲息地系統調查與監測評估，研究揭示人類活動（水利工程、禁漁等）對珍稀瀕危魚類、河流棲息地、水域生態系統的影響程度及機理。重點評估梯級電站建設和運行所帶來的水文節律改變對中華鱘、長江鱘等珍稀瀕危魚類產卵場棲息地、自然繁殖效果的影響程度；有針對性的提出珍稀瀕危魚類保護和棲息地修復工程建議和宏觀保護對策，為長江流域漁業資源保護與生態修復相關制度完善與政策措施提供支撐。