2021年12月20日，中國水產科學研究院長江水產研究所牽頭編制的《長江流域水生生物完整性指數評價辦法》由農業農村部印發試行。該評價辦法是國際上第一個針對大河流域的水生生物資源及棲息生境完整性的評價辦法，對于國內其他流域乃至世界大河流域生物多樣性保護具有一定的示范引領作用。
　　為深入貫徹習近平生態文明思想，落實《長江保護法》關于建立長江流域水生生物完整性指數評價體系的規定，科學評估長江流域水生生物資源及棲息生境狀況，客觀評價長江禁捕成效，指導開展針對性的生態保護修復工作，農業農村部長江流域漁政監督管理辦公室領導，中國長江三峽集團有限公司組織，水科院長江水產研究所牽頭，水科院淡水漁業研究中心、水科院東海水產研究所、中國科學院水生生物研究所、水利部中科院水工程生態研究所、中華鱘研究所、上海海洋大學、中國科學院南京地理與湖泊研究所、西南大學共同參與編制了《長江流域水生生物完整性指數評價辦法（試行）》。
　　該評價辦法包括魚類狀況、重要物種狀況、生境狀況三個方面的14個必選指標，以及雜食性魚類等16個參考指標。根據現狀調查結果與歷史基準值的差異對各指標進行賦分，評價結果分為“優”“良”“一般”“較差”“差”“無魚”六個等級。經過兩次征求國務院有關部委及長江流域19個省級人民政府意見，以及向社會公開征求意見，該評價辦法得到了進一步完善。