中國水產科學研究院長江水產研究所是我國最早建設的水產科學重點研究機構之一，隸屬于農業農村部。前身為“中華人民共和國水產部長江水產研究所”，1958年在江蘇省南京市成立，1965年遷至湖北省沙市市（現荊州市），2011年遷至湖北省武漢市。由于隸屬關系和機構組成的變化，先后更名為“湖北省長江水產研究所”“國家水產總局長江水產研究所”“國家水產總局長江水產研究所沙市分所”“中國水產科學研究院長江水產研究所沙市分所”，1984年定為現名。

　　截至2024年底，長江所在職在編職工169人，其中具有高級專業技術職稱職工64人、碩博士學歷職工133人；在職編外職工126人，在所研究生123人。現有國務院政府特殊津貼享受者13人、湖北省人民政府特殊津貼享受者4人，農業農村部農業科研杰出人才2人及團隊2個，國家現代農業產業技術體系崗位科學家5人，農業農村部神農青年英才2人，湖北省新世紀高層次人才工程二層次以上人選2人，湖北省自然科學基金杰出青年項目獲得者1人，青海省“高端創新人才千人計劃”拔尖人才1人，中國水科院科技創新團隊8個、中青年拔尖人才1人、杰出青年人才1人、百名科技英才19人、水科英才32人，3551光谷人才計劃優秀青年英才7人。有博士生導師7人、碩士生導師41人。設有博士后工作站，先后進站博士后15人。

　　長江所始終立足長江中上游流域，堅持產業導向，圍繞我國淡水漁業發展中基礎性、方向性、全局性、關鍵性的重大科技問題，重點開展漁業資源保護與利用、水生生物多樣性保護、水產養殖育種、水產病害防治、水產營養與飼料、水產品質量安全與品質評價等領域的科學研究和技術研發，為政府決策及現代漁業高質量發展提供了技術支撐。建所以來，長江所承擔各類科研項目3100余項，獲得各類科研成果229項，其中國家級獎勵10項、省部級獎勵110項、地市級獎勵11項、中國水產科學研究院獎勵85項、其他獎勵13項。培育了“穎鯉”“長豐鰱”“長豐鯽”中華鱉“長淮1號”等8個國家審定水產新品種。發表學術論文3700余篇，出版著作113本，起草并經相關部門發布標準213項，授權專利507項。獲全國科學大會獎的“鯉魚雜交一代優勢利用的研究”、獲國家科技進步獎的“草魚出血病防治技術研究”和“中華鱘物種保護技術研究”、獲湖北省科技進步獎的“淡水重要魚類資源增殖技術與應用”“珍稀魚類繁育與物種保護技術體系及示范”“稻田小龍蝦綠色高效養殖和質量安全控制關鍵技術與應用”“三峽生態漁業開發技術研究”“草魚營養需要量研究與高效環保飼料開發”“斑點叉尾鮰安全生產關鍵技術”，以及選育新品種“長豐鰱”“長豐鯽”和中華鱉“長淮1號”，通過專家組現場驗收的“黃鱔規模化全人工繁育”等成果的推廣和應用都產生了顯著的經濟效益和社會效益。

　　60多年來，長江所規模從小到大，不斷發展，構建了武漢研究中心、荊州基地、重慶基地、梁子湖基地等一所多翼的發展新格局。依托長江所建設有農業農村部淡水生物多樣性保護重點實驗室、農業農村部淡水魚類種質檢驗測試中心、國家農業科學漁業資源環境武漢觀測實驗站、國家農業科學漁業資源環境重慶觀測實驗站、農業農村部長江中上游漁業資源環境科學觀測實驗站、農業農村部水產品質量安全風險評估實驗室（武漢）、湖北省水產品質量安全工程技術研究中心、中國水產科學研究院長江流域水生動物繁育與利用重點實驗室、中國水產科學研究院湖庫生態漁業工程技術研究中心等15個省（部）級、院級重點實驗室、工程中心、野外站臺。擁有國內外先進的大型儀器設備60余臺（套），總資產6400余萬元。

　　與美國、日本、捷克、新加坡等30多個國家的科研和教學機構建立了合作關系。與捷克高校聯合共建“中捷魚類保護與生物技術聯合實驗室”，并在瀕危魚類保護技術研發方面取得了突破性進展。先后執行5期古巴淡水養魚技術援助項目等，為古巴、孟加拉等10多個國家提供了技術援助。

　　新的征程上，長江所將繼續堅持“四個面向”，聚焦漁業科技創新主責主業，以建設長江流域及中西部地區現代漁業的前沿創新高地、核心技術發源地和成果轉化應用基地為新時期奮斗目標，努力為服務“長江大保護”與鄉村振興戰略、推動我國現代漁業綠色高質量發展貢獻新力量。