日前,中國水產科學研究院長江水產研究所魚類生殖細胞發育研究團隊在中華鱘性腺轉錄組方面的研究取得新進展。研究團隊首次采用Illumina高通量測序技術對中華鱘的精巢和卵巢組織進行了轉錄組測序、組裝及分析,獲得了一批重要的基因資源,為野生中華鱘的遺傳多樣性評價、人工群體的家系管理及鱘魚早期配子發生機制等研究提供了基礎。
該研究通過對3齡中華鱘的精巢和卵巢組織分別建庫測序、Trinity軟件組裝,總共獲得86,027個 unigenes。隨后,對這些unigenes進行了Nr、 Swiss-prot、 GO (gene ontology)、COG (clusters of orthologous groups) 以及KEGG信號通路(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Pathway )注釋分析。另外,還對所獲得的unigenes進行了進一步的雌雄差異富集基因分析。對55個生殖發育相關基因在中華鱘轉錄組中進行搜索, 34個基因在該轉錄組中有富集。相對于二倍體斑馬魚,中華鱘在sox, apolipoprotein 以及cyclin三個基因家族中擁有更多的同源基因。最后,對所得基因序列用MISA軟件進行分析,共挖掘得到12,151個SSR標記(simple sequence repeats)。
該研究得到了國家973計劃項目、國家自然科學基金、中國水產科學研究院基本科研業務費等項目的資助,相關研究成果以論文形式“Sequencing and De Novo assembly of the gonadal transcriptome of the endangered Chinese Sturgeon (Acipenser sinensis)”在PLOS ONE雜志在線發表,文章鏈接為:http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0127332。
(來源:生物室 岳華梅)