實(shí)驗(yàn)室的發(fā)展目標(biāo)是: 立足我國內(nèi)陸水域，側(cè)重長江流域，通過強(qiáng)化實(shí)驗(yàn)室科研基礎(chǔ)條件建設(shè)和高水平科研項(xiàng)目帶動(dòng)，加強(qiáng)淡水生物多樣性保護(hù)基礎(chǔ)和應(yīng)用基礎(chǔ)研究，創(chuàng)新和引入新方法與新技術(shù)，改造傳統(tǒng)學(xué)科，推進(jìn)學(xué)科間的交叉、滲透與融合，培養(yǎng)鍛煉創(chuàng)新型科研骨干人才，不斷提高實(shí)驗(yàn)室的整體學(xué)術(shù)水平和綜合實(shí)力，在淡水生物多樣性保護(hù)研究方面達(dá)到國內(nèi)領(lǐng)先水平，部分領(lǐng)域達(dá)到國際先進(jìn)或領(lǐng)先水平，形成“科學(xué)研究、技術(shù)支撐、成果轉(zhuǎn)化、人才培養(yǎng)”全面發(fā)展的良好格局，將實(shí)驗(yàn)室建設(shè)成為我國淡水生物多樣性研究與保護(hù)的國家級平臺(tái)。

　　實(shí)驗(yàn)室的主要任務(wù)是圍繞淡水生物多樣性可持續(xù)性問題，在生態(tài)系統(tǒng)、群體、個(gè)體、細(xì)胞和分子層面，研究淡水生物生物多樣性結(jié)構(gòu)與功能及其變化或退化成因，整合傳統(tǒng)水產(chǎn)學(xué)技術(shù)，開發(fā)有關(guān)新技術(shù)或綜合技術(shù)，包括生態(tài)修復(fù)、種群增殖、瀕危物種保護(hù)與拯救、種質(zhì)資源挖掘與利用、人工和天然水體可持續(xù)利用等技術(shù)，服務(wù)于我國淡水漁業(yè)可持續(xù)發(fā)展和經(jīng)濟(jì)建設(shè)。

　　實(shí)驗(yàn)室科學(xué)研究方向主要包括：1.淡水生物多樣性調(diào)查與評價(jià)；2.淡水生物多樣性保護(hù)與保存；3.淡水生物多樣性可持續(xù)性漁業(yè)新技術(shù)。根據(jù)研究方向和內(nèi)容設(shè)9個(gè)研究單元：珍稀瀕危水生動(dòng)物多樣性保護(hù)、水產(chǎn)種質(zhì)資源保存與遺傳育種、淡水漁業(yè)資源管理與可持續(xù)性、漁業(yè)環(huán)境保護(hù)與水安全、水產(chǎn)養(yǎng)殖動(dòng)物病害與防治技術(shù)、水產(chǎn)養(yǎng)殖動(dòng)物營養(yǎng)與飼料、水產(chǎn)養(yǎng)殖動(dòng)物基礎(chǔ)生物學(xué)與養(yǎng)殖技術(shù)、池塘生態(tài)修復(fù)與工程技術(shù)、淡水多樣性保護(hù)標(biāo)準(zhǔn)與規(guī)范。