根據《關于下達我部第二批部級產品質量監督檢驗測試中心籌建計劃的通知》（（1991）農（質）字第60號）及《關于同意在長江水產研究所設立“農業部淡水魚類種質監督檢驗測試中心”的批復》（（1999）水科（質標）字第027號），長江水產研究所承擔籌建“農業部淡水魚類種質監督檢驗測試中心”。2000年10月，中心正式通過國家質量技術監督局和農業部的“雙認證”驗收，獲得審查認可證書號（2000）農（質監認）字第103號和計量認證號（2000）量認（國）字（V1965）號。2002年，國家認證認可監督管理委員會下發了《關于下達2002年第二批國家計量認證計劃的通知》（國認實函[2002]112號），批準中心進行增項認證（農業項目第6位）。中心先后在2004年、2009年、2012年、2015年和2018年五次通過復查，獲得的審查認可證書號分別為（2015）農（質監認）字FC第544號和150004091965，考核合格證書為[2015]農質檢核（國）字第0072號。2018年，中心依據農業農村部通知，更名為“農業農村部淡水魚類種質監督檢驗測試中心”。根據“中華人民共和國農業農村部公告（第721號）”，2023年11月4日中心更名為“農業農村部淡水魚類種質檢驗測試中心”。

　　中心現主要承擔水產種質、漁業環境、水產品、漁用飼料和漁用藥物的檢驗以及農產品地理標志產品的檢測等。具體任務有：（1）承擔農業農村部或有關部門指定的行政執法和產品質量檢驗及優質產品的評選、復查、跟蹤檢驗；（2）受農業農村部或其他機構委托，對實施證書管理（如生產許可證、質量認證、進出口登記、推廣許可證、產品登記、綠色食品等）的產品進行檢驗，對重要新產品、新品種投產和科技成果的鑒定進行檢驗；（3）承擔農業系統產品質量考核檢驗和產品質量的分等分級檢驗；（4）承擔有關水產品質量的仲裁檢驗和其他委托檢驗；（5）負責對農業系統有關企業和地方同類檢驗機構進行技術指導、技術咨詢、技術服務和人員培訓；（6）研究新的檢測技術和方法，承擔或參與國家標準、行業標準及地方標準的制修訂以及有關技術標準的試驗驗證工作。歷年承擔了農業農村部等單位下達的“產地水產品獸藥殘留監控”、“水產養殖用投入品安全隱患排查”、“農產品質量安全風險監測”、“水產苗種獸藥殘留監控”、“重點水產品質量安全風險監測”等任務。

　　中心下設業務辦公室和檢測室。現有工作人員20人，其中高、中級職稱人員14人，占70%；技術人員17人，占85%。中心建筑面積約3000m2，固定資產2000余萬元，配備有國內外較先進的檢測儀器設備60多臺（套）。中心建立了質量管理體系，制定了工作規章制度，對檢測過程實行全面質量控制，確保檢測工作的公正性、科學性和準確性。

　　自成立以來，中心為全國100多家國家級、省級水產原良種場、科研院所、司法機關、漁業主管部門和養殖主體提供了種質檢測技術服務，出具各類鑒定報告500余份，涉及水產原良種場種質驗收鑒定、水產種質標準驗證、水產新品種驗證、司法鑒定及放流魚種質量檢定等；為政府和社會開展無公害產地認定和產品認證、地理標志產品檢測等1000多項；承擔了多項來自農業農村部等中央部委和湖北省的重大科研項目以及行業標準制修訂等工作。

主 任：李創舉（兼）　常務副主任：甘金華　副主任：張　浪

技術負責人：甘金華（兼）　質量負責人：彭　婕