中國水產科學研究院淡水魚類育種與健康養殖重點實驗室依托于長江水產研究所，于2003年3月經中國水產科學研究院批準成立（水科研發〔2003〕45號），原名“中國水產科學研究院淡水生態與健康養殖重點開放實驗室”，主要研究方向包括魚類育種、水產養殖、魚類病害、魚類營養、漁業資源與漁業環境等學科。2012年10月，經中國水產科學研究院批準（水科學發〔2012〕230號），更為現名。

　　實驗室重點研究方向主要有三個：（1）養殖育種領域：開展優質、高產、抗逆性強的優良新品種選育和育種材料創新工作；開展魚類生理學和繁殖生物學、綜合生態養殖模式、苗種培育關鍵技術的研究；開展湖泊、水庫、池塘、集約化高密度養殖等不同養殖方式和養殖對象的工藝研究，建立可持續的高效、低耗、生態環境友好的水產養殖模式和技術體系；（2）水產病害領域：重點圍繞主要淡水養殖魚類的重大疾病，開展流行病學、病原學、診斷技術、疫苗制備與免疫預防技術、藥物與綜合防治技術研究；揭示疾病的發生發展和流行規律，查明病原感染與致病的機理，闡明疫苗免疫應答機理與免疫保護效果，建立快速實用的疫病診斷方法，建立基于免疫預防、藥物防治以及生態調控的綜合防控體系；（3）魚類營養：重點圍繞主要淡水養殖魚類的營養需求與高效環保飼料的配制技術開展研究，建立我國淡水主要養殖對象的營養需求數據庫和主要飼料原料利用率數據庫，形成廉價高效環保飼料配方和投喂技術，提高飼料利用率，降低飼料成本，減少廢物排放；查明飼料中有毒有害物質在水產動物積累和清除規律，建立水產動物品質營養學調控技術，提高產品品質，保障產品安全。

　　實驗室現有固定研究人員29人，其中研究員6人、副研究員9人、助理研究員13人。具有博士學位人員17人，碩士學位人員7人。此外，實驗室還常年有在讀博碩士研究生約18人，主要來源于華中農業大學、上海海洋大學、南京農業大學等高校。

　　2010年以來，實驗室累計發表論文318篇，其中SCI論文150篇；獲授權專利45項，其中發明專利28項（包括美國發明專利1項）；“長豐鰱”和“長豐鯽”獲得國家水產新品種證書；獲得各級科研獎勵10項，其中湖北省科技進步二等獎及中國水產科學研究院科技進步一等獎各2項。

主  任：曾令兵