農業農村部淡水生物多樣性保護重點實驗室（以下簡稱“實驗室”）原身為“淡水魚類種質資源與生物技術重點開放實驗室”，于1985年7月經國家計委審批籌建，是我國淡水漁業研究領域建立的第一個國家級重點實驗室。2008年，根據《關于開展農業部專業性（區域性）重點實驗室和農業科學觀測實驗站申報工作的通知》的精神，以原“農業部淡水生物多樣性保護與利用重點開放實驗室”為基礎，由中國水產科學研究院長江水產研究所獨立申報，獲批建設了農業部淡水生物多樣性保護重點實驗室，歸屬淡水漁業與種質資源利用學科群。2018年，實驗室更名為“農業農村部淡水生物多樣性保護重點實室”。

　　實驗室是一支以中青年科研人員為主的60余人的精干隊伍，其中擁有高級職稱人員30人，獲得博士學位人員40余人，占比超70%。其中國家現代農業產業技術體系崗位科學家5名，農業科研杰出人才1名，另有1名青年科研人員入選“中國水產科學研究院青年拔尖人才”，10名入選中國水產科學研究院百名英才。研究領域涉及瀕危魚類保護、漁業資源、遺傳育種、分子生物學、環境工程、魚類營養與病害防控等。

　　實驗室在珍稀和特有魚類保護和保存、魚類種質資源、漁業生態環境、漁業生產應用基礎理論等方面具有長期的工作積累。尤其在珍稀魚類中華鱘、白鱘、達氏鱘、胭脂魚、大鯢等物種的保護技術方面形成了獨具特色的系列研究成果。

　　實驗室現有辦公面積2500余平方米、總值6000余萬元儀器設備及可使用面積400余畝的多個試驗基地。另，實驗室擁有國際聯合實驗室1個（中捷魚類保護與生物技術聯合實驗室）、部級監測中心1個（“農業農村部長江中上游漁業生態環境監測中心”）、省級工程中心1個（“湖北省水產品質量安全工程技術研究中心”）、院級重點實驗室1個（“長江流域水生動物繁育與利用重點實驗室”）、院級工程技術研究中心1個（“中湖庫生態漁業工程技術研究中心”），平臺體系布局日趨完善，科研基礎設施齊全，為實驗室開展淡水漁業科學創新研究提供了強力支撐。

　　實驗室堅持貫徹“開放、流動、聯合、競爭”的運行機制，廣泛開展科技合作和學術交流，同時加強人才培養和學科建設，與美國、日本、捷克、新加坡等30多個國家的科研和教學機構建立了合作關系，為古巴、孟加拉等10多個國家提供了技術援助。