機構設置
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管理部門
辦公室 黨委辦公室 人事處（博士后科研工作站） 科技處（成果轉化處） 財務處 條件處
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科研部門
淡水魚類種質資源與生物技術研究室 漁業資源與環境研究室 水產養殖與遺傳育種研究室 魚類病害研究室 水產營養與飼料研究室 水產品檢測與質量安全研究室 水產信息與標準研究室
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支撐部門
荊州基地 西南漁業研究中心 梁子湖基地 長江中上游漁業生態保護研究中心
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掛靠機構
農業農村部淡水生物多樣性保護重點實驗室 農業農村部淡水魚類種質檢驗測試中心 農業農村部長江中上游漁業資源環境科學觀測實驗站 農業農村部水產品質量安全風險評估實驗室（武漢） 中國水產學會《淡水漁業》雜志社 全國水產標準化技術委員會淡水養殖分技委秘書處 農業農村部長江中上游漁業生態環境監測中心 農業農村部中華鱘保育和增殖放流中心 中國水產科學研究院淡水魚類育種與健康養殖重點實驗室 湖北省水產品質量安全工程技術研究中心 國家斑點叉尾鮰加工技術研發分中心（武漢） 國家農業科學重慶觀測實驗站
